Klub został założony w 1900 przez jedenastu piłkarzy pod przewodnictwem Franza Johna. Pomimo iż Bayern zdobył swoje pierwsze Mistrzostwo w 1932 roku, klub nie został wybrany do powstałej w 1963 nowej Bundesligi. Czasy największych sukcesów przypadły na połowę lat 70., gdy zespół z Franzem Beckenbauerem jako kapitanem trzy razy z rzędu wygrywał Puchar Europy (1974–76).
Od początku sezonu 2005/06 Bayern rozgrywa mecze w roli gospodarza na stadionie Allianz Arena. Wcześniej przez 33 lata zespół występował na Stadionie Olimpijskim. Barwami klubu są czerwień i biel, zaś na herbie znajdują się też barwy Bawarii.